Shiatsu kan geen kwaad. Het kan soms gebeuren dat de ontvanger bijwerkingen ervaart, doordat er onder invloed van de behandeling toxines vrijkomen die uit het lichaam worden weggevoerd. Dit kan zich uiten in symptomen als hoofdpijn, stijfheid, diarree, veel urineren of loomheid. Deze symptomen verdwijnen meestal snel.
Veel water drinken en uitrusten kan dit proces bevorderen. Shiatsu kan ook op emotioneel niveau uitwerkingen hebben; diepgewortelde emoties kunnen loskomen. Het verwerken van deze emoties heeft meestal meer tijd nodig.